หน่วยงานบริหารจัดการโปรแกรม (Program Management Unit : PMU) ประกอบด้วย

1. สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.)  

2. สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (NIA)

3. สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร องค์การมหาชน (สวก.)

4. สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.)

5. หน่วยบริหารและจัดการทุนวิจัยด้านการพัฒนาระดับพื้นที่ (บพท.)

6. หน่วยบริหารและจัดการทุนวิจัยด้านการพัฒนากำลังคน และทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษา การวิจัย และสร้างนวัตกรรม (บพค.)

7. หน่วยบริหารจัดการทุนด้านการเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของประเทศ (บพข.)